Embora o Departamento de Linguística tenha sido criado em 1986, os estudos linguísticos na USP têm uma longa trajetória, com início formal datando de 1940, quando foi criada a cadeira de Linguística Indo-europeia na Universidade por iniciativa do Prof. Theodoro Henrique Maurer Junior. Alguns anos mais tarde, em 1962, um parecer do Conselho Federal de Educação introduz a disciplina Linguística nos currículos de Letras. No entanto, mesmo sendo matéria obrigatória para todos os alunos, a Linguística só passaria a ser uma das habilitações integrantes do conjunto de opções oferecidas para os alunos de Letras a partir de 1972.

Estando inicialmente voltados para a pesquisa dos processos históricos de formação das línguas naturais - uma vez que seus iniciadores, Theodoro Henrique Maurer Junior e Isaac Nicolau Salum, desenvolveram estudos notáveis sobre o latim vulgar e a formação das línguas românicas - os estudos linguísticos na USP foram aos poucos ampliando o escopo de suas pesquisas, seguindo questões propostas por desenvolvimentos da Linguística mais recentes, e tendendo a uma abordagem mais ampla da linguagem humana em seus mais diferentes aspectos.