A pesquisa científica feita pelo Departamento de Linguística se organiza em torno de projetos desenvolvidos por diversos grupos de pesquisa que integram um único grande laboratório, intitulado Laboratório Theodoro Henrique Maurer Jr., e um centro complementar, intitulado o Centro de Documentação em Historiografia da Linguística (CEDOCH). O Laboratório Theodoro Henrique Maurer e o CEDOCH agregam professores, alunos de iniciação científica, mestrandos, doutorandos e pós-doutorandos.
Os seguintes grupos estão em atuação no momento:
| CEDOCH - Centro de Documentação em Historiografia Linguística |
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Professoras responsáveis: Maria Cristina Fernandes Salles Altman, Olga Ferreira Coelho |
| GEF - Grupo de Estudos em Fonética |
| Professora responsável: Beatriz Raposo de Medeiros |
| GELA - Grupo de Estudos de Línguas Africanas |
| Professora responsável: Margarida Maria Tadoni Petter |
| GELH - Grupo de Estudos de Linguística Histórica |
| Professor responsável: Thomas Finbow |
| GELI - Grupo de Estudos em Línguas Indígenas |
| Professores responsáveis: Luciana Storto, Ana Lúcia de Paula Müller, Didier Demolin |
| GEPOEX - Grupo de Estudos de Poéticas Experimentais |
| Professor responsável: Antonio Vicente Seraphim Pietroforte |
| GESOL - Grupo de Estudos e Pesquisa em Sociolinguística |
| Professor responsável: Ronald Belini Mendes |
| GES - USP - Grupo de Estudos Semióticos |
| Professores responsáveis: Ivã Lopes, Waldir Beividas |
| GLiC - Grupo de Linguística Computacional |
| Professores responsáveis: Marcelo Barra Ferreira, Marcos Lopes |
| GREMD - Grupo de Estudos de Morfologia Distribuída |
| Professora responsável: Ana Paula Scher |
| Grupo de Estudos de Semântica Formal |
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Professores responsáveis: Ana Lúcia de Paula Müller e Marcelo Barra Ferreira |
| LEAL - Laboratório de Estudos em Aquisição de Linguagem |
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Professoras responsáveis: Elaine Grolla e Raquel Santana Santos |
| Lafalin - Laboratório de fonética da USP |
| Professora responsável: Beatriz Raposo de Medeiros |
| LiSCO - Grupo de Estudos da Lingua de Sinais e Cognição |
| Professor responsável: Felipe Venâncio Barbosa |
| LLICC - Laboratório, Linguagem, Interação, Cultura e Cognição |
| Professora responsável: Evani Viotti |
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Minimalismo e a Teoria da Gramática |
| Professor responsável: Jairo Nunes |
| TIPOLING - Grupo de Estudos de Tipologia Linguística |
| Professor responsável: Paulo Chagas de Souza |